その後、下部リーグでの戦いを余儀なくされるも、転機が訪れたのは、現オーナーであるモハメド・アルファイド(Mohamed
Al Fayed)のフルアム買収である。その資金力で補強を重ね、96/97シーズンにディヴィジョン3で戦っていたチームが2000/01にプレミア昇格というスピード出世を果たすことに成功した。
資金力を有し、確実な補強でプレミアリーグまで上がってきたが、だからといってこのリーグで目覚ましい成績を残したわけでもない。また、チェルシーに対抗しようと大きなスタジアムを作ろうとしたものの、結局は現在のクレイブン・コテッジ(Craven
Cottage)の改修で済ませた。このチームの顔であったGKのファン・デル・サール(Van
Der Sar)を放出した後は大物の獲得がなく、アルファイド会長にチームへのモチベーションがなくなりつつあるのでは(?)と囁かれてもいる。